水晶的分类是五花八门，通常可以大致分为三类：
①Crystalline Varieties (显晶类)
平时我们观赏到由多条六角形水晶柱(六方晶系)生成一簇的水晶簇，便是属于Crystalline Varieties显晶类，如白水晶、紫水晶、黄水晶、粉晶、发晶、虎眼石等皆属此类。
②Crypto crystalline Varieties (隐晶类)
隐晶类水晶外观是一块块的，不是成六角水晶簇状，但他们却也是属六方晶系的。但我们不能以肉眼观察到他们的六角形结晶，因为结晶的体积极为细小，需以显微镜协助下才能看到六角开结晶。而此在水晶非常平滑，因为结晶之间有“水化硅石”填补，玛瑙便属于此类。
③Special Varieties (特别类)
这类水晶和一般水晶分别很大，难以归为显晶类或隐晶类，所以归为特别类，例如结晶古怪嶙峋的Skeeton Crystal(骨干水晶)、水晶内的山水星像图案的Phantom Crystal(幻影水晶)等皆归纳为此类。
